一是原发性锈黄。因石材内部通常存在铁矿物（碳酸铁、硫化铁、铁矽盐酸矿物等），通常含铁矿物以铁矽盐酸矿物较稳定，硫化铁最不稳定。因此，不稳定的硫化铁可以说是石材表面锈黄污染的最大成因。此外，黑云母虽较硫化铁稳定，但长期在酸与水的作用下，亦会发生氧化生锈而成褐铁矿，污染石材形成锈黄；二是石材加工过程中处理不当产生的锈黄。原石以钢砂拉锯加工切割时，石材表面因残余钢砂未清理干净，水气作用后，形成锈斑或者是石材切割后酸洗，残留酸物质造成石材含铁矿物加速氧化所致；三是配件生锈导致的生锈。石材在湿铺安装时碰到铁配件生锈而扩散至石材表面锈黄。
水斑是石材表面湿润含水，使得石材表面产生整体或部分暗沉的现象。石材发生水斑的原因，大致分为两类，第一类属于中性水分的吸收，原因如下：由于石材是多孔性的物质，当雨水、清洗地面的水以毛细原理从石材正面渗入，会使得石材表面产生暗沉的现象。这种水斑通常是暂时性的，只要保持干燥，水分就能自然挥发排除，恢复石材原有的外观。另一种造成石材病变的水斑，则会造成石材具体的伤害，其成因与石材湿式施工法或湿式加强施工法贴安装时的不当施工有关，其原因如下：水泥是石材湿贴安装最常用的黏结材料，其含有大量的氧化钙、氧化铝及氧化铁，其中氧化钙约占水泥产物体积的20%，它易溶于水。在湿式安装黏结石材时，若水泥中的氧化钙未完全水溶，则强碱性的氧化钙会残留在石材背填的砂浆中，若石材安装于靠近水源之处或是施工时水泥砂浆水灰比过高（易造成氧化钙反应不完全），过量的水将氢氧化钙溶解出来，以毛细原理渗透到石材表面，随后再与空气中的二氧化碳反应形成碳酸钙。此时，由于碳酸钙易潮解而吸附大量的结晶水，将造成石材表面湿润含水，使得石材表面整体或部分产生暗沉的现象。